Здійснення митного контролю — виключна прерогатива митних органів і одне з їхніх завдань. З одного боку контроль полягає у перевірці достовірності заявлених даних, а з другого — у виявленні прихованих від митних органів порушень. З цією метою митні органи вправі у примусовому порядку зупиняти і повертати в зони митного контролю транспортні засоби та громадян, які без дозволу митних органів увійшли із зони митного контролю на митну територію України, а також морські та річкові судна, які без дозволу митних органів вийшли із зони митного контролю за межі митної території України і не перебувають у територіальних водах інших держав. Перелік примусових заходів, а також порядок їх застосування встановлюється МК України та іншими законами України.
Контроль власне полягає у співставленні заявлених декларантом даних про товар, предмети, транспортний засіб із фактичними. Тому відправною позицією для здійснення митного контролю є саме подані документи. Відповідно до ст. 56 МК України для здійснення митного контролю подаються митному органові необхідні документи:
1) при перетинанні товарами і транспортними засобами митного! кордону України;
2) при декларування товарів і транспортних засобів;
3) при повідомленні митного органу про намір здійснити переміщення товарів і транспортних засобів через митний кордон України;
4) при здійсненні митними органами інших контрольних функцій відповідно до митного законодавства.
Процедура митного контролю умовно проходить у п'ять етапів. На першому проводиться формально-логічний контроль заявлених у документах відомостей з використанням комп'ютерних програм. Також перевіряється правильність заповнення товарно-транспортних документів на відповідність вказаних у них даних положенням контракту та іншим документам.
На другому етапі здійснюється перевірка правомірності проведених платіжно-розрахункових операцій в іноземній валюті вказаними в декларації банківськими установами, дотримання учасниками зовнішньоекономічної діяльності валютного законодавства. Одночасно, за наявності, перевіряється паспорт зовнішньоекономічної угоди.
На третьому етапі перевіряється правильність обчислення митних платежів та надання митно-тарифним преференцій, фактичне надходження заявлених платежів на відповідні рахунки митниці.
На четвертому етапі перевіряється правильність заповнення відповідних граф митної декларації, на підставі яких формується митна статистика.
На п 'ятому етапі посадовою особою митниці приймається рішення про проведення митного огляду товарів спеціальними співробітниками митниці на предмет відповідності заявленим в документах відомостям.
Після проведення всіх етапів на транспортному документі ставиться штамп «Випуск дозволено».