В 1811 году на территории России было образовано 11 таможенных округов, в каждом из которых вошло несколько таможен. Эта структура сохранилась и доныне в Украине. Таможенные чиновники наделялись большими правами. Военные начальники, губернские правления, военные и гражданские
губернаторы, чины городской и земской полиции были "... обязаны оказывает вспомоществование чиновникам таможенное службы по первому их требованию ". Таможенникам разрешалось во время исполнения служебных обязанностей иметь при себе огнестрельное и другое оружие.
В 1827 году установлен цвет формы таможенных чиновников - зеленый (до этого они носили местную губернскую форму) - и утвержден рисунок таможенного флага: светло-зеленый с белым Андреевским крестом (за основу был взят военно-морской флаг). В 1885 году введено ведомственную символику: изображение на головных уборах двух перекрещенных кадуцея.
После Отечественной войны 1812 г. уровень народного хозяйства не удовлетворял уровня потребностей казны. Во времена правления императора Александра I официально признавалось, что "продукты империи не находят больше рынков за рубежом, мануфактуры ее крайне запущены, монета быстро стекает в отдаленные страны, авторитетные торговые дома находятся в опасности, сельское хозяйство и торговля, как фабричная промышленность, стоят на краю банкротства ".
При таких условиях было необходимо принять меры по улучшению экономического положения России, однако, развитие отечественной промышленности поддерживался только системой усиленного покровительства. Согласно существующим на то время в теории и практике взглядов, наиболее действенным средством считалась поддержка промышленности за посредством повышения таможенного тарифа.
Повышение ставок произошло в 1810 году, затем были изменения в 1816 году. С целью увеличение вывозной торговли были приняты меры по поощрению вывоза спирта. Тариф 1818 был составлен в свободном стиле, но после короткого отклонения сторону фритредерськои политики (либеральный тариф 1819 г.) либеральные тарифы действовали только
до 1821 p., затем правительство от них отказался. Происходит возврат к покровительственной системы, которая сохраняется вплоть до начала 50-х годов.
В 1822 г. вводится Покровительственный таможенный тариф. Российский тариф, запрещен для иностранных государств, облегчал товарообмен между Царством Польским и империей (Великая хартия для польской промышленности). Выгодный для Польши, этот тариф не составлял особого дохода для России.
С отменой крепостного права 19 февраля 1861 года начинается новая страница в экономической истории России, связана с бурным ростом промышленности. При этом таможенная политика в эпоху "царя-освободителя" (Александр II правил с 1856 г. до 1880 г.) точно повторяет все зигзаги внутренне-политического курса. Для либеральных 60-х годов XIX века характерной стала либеральная таможенная политика. В 1870 году начинают вырисовываться признаки стагнации экономики России, приостановление преобразований. По этой причине со второй половины 1870-х г. начинается возврат к прежней запретительной системы во внешней торговле.
Во время правления Александра III (1880-1894 pp.) Доминирует протекционизм, высокое пошлина на ввезенную из-за границы промышленную продукцию.
В 1881-1886 pp. царское правительство повышает пошлины на импорт многих видов сырья, полуфабрикатов и готовых изделий и форсирует вывоз хлеба, важнейшей статьи российского экспорта. Как результат, происходит устойчивое превосходство экспорта над импортом. Запретная таможенная политика способствовала индустриализации страны, стимулировала приток иностранных капиталов.
В то же время протекционизм неизбежно повлек монополизации промышленности, подавляя развитие свободной конкуренции, служил интересам не всей буржуазии, а лишь отдельных ее слоев. Высокие
таможенные барьеры в отсталой в развитии России с одной стороны обеспечивали сохранение искусственно завышенных цен на товары, с другой - тормозили технический прогресс.