Спеціальна митна зона — це митний режим, відповідно до якого до товарів, які ввозяться на території відповідних типів спеціальних (вільних) економічних зон із-за меж митної території України, а також до товарів, які вивозяться з територій таких зон за межі митної території України, не застосовуються заходи тарифного й нетарифного регулювання, якщо інше не передбачено законом (стаття 217 Митного кодексу України).
Спеціальними митними зонами є частини території України, на яких запроваджено митний режим спеціальної митної зони. Для цілей оподаткування товари, ввезені на території спеціальних митних зон, розглядаються як такі, що перебувають за межами митної території України. Створюються спеціальні митні зони шляхом прийняття окремого закону для кожної спеціальної митної зони з визначенням її статусу, території, строку, на який вона створюється, та особливостей застосування законодавства України на її території. Законом встановлюються вимоги щодо створення спеціальної митної зони, види товарів, дозволених до ввезення в таку зону, та характер операцій, що здійснюються з товарами в межах зони. У законі також визначаються вимоги щодо організації роботи спеціальної митної зони та обов'язки органів управління зони з виконання вимог митного законодавства під час здійснення митного контролю.
Митний орган, у зоні діяльності якого розташовано спеціальну митну зону, з метою належної організації митного контролю може вимагати від органів управління цієї зони вжиття таких заходів:
1) спорудження огорожі по периметру зони;
2) установлення обмежень щодо порядку доступу в зону в певні години роботи;
3) інших заходів, що не перешкоджають нормальному функціонуванню зони відповідно до закону про таку зону.
Забороняється будь-яке будівництво в межах спеціальних митних зон без попереднього погодження з митницею, у зоні діяльності якої розташовано спеціальна митна зона.
З метою забезпечення належного митного контролю в спеціальних митних зонах митні органи мають право:
1) здійснювати постійний контроль та нагляд за кордонами спеціальних митних зон, а також за доступом на їх територію;
2) вимагати від осіб, які переміщують товари через кордон спеціальної митної зони, ведення обліку руху таких товарів з метою їх контролю;
3) проводити перевірку товарів, що переміщуються через кордон спеціальної митної зони, з метою забезпечення здійснення передбачених Митним кодексом України операцій та недопущення переміщення заборонених товарів;
4) здійснювати перевірки товарів, що перебувають у спеціальних митних зонах;
5) здійснювати інші передбачені законом заходи, спрямовані на забезпечення надійності митного контролю.
У спеціальних митних зонах допускається здійснення виробничих та інших комерційних операцій з товарами за умови дотримання положень Митного кодексу України. Перелік видів товарів та операцій, що з ними здійснюються, визначається в законі про конкретну спеціальну митну зону.
З метою забезпечення виконання законів і з урахуванням характеру товарів можуть запроваджуватися окремі заборони та обмеження щодо здійснення операцій з товарами в спеціальних митних зонах. Такі заборони та обмеження встановлюються законами України. Кабінет Міністрів України може обмежувати або забороняти ввезення окремих товарів у спеціальні митні зони. Товари, дозволені до ввезення на територію спеціальних митних зон, можуть перебувати в них протягом усього часу функціонування таких зон.
Особи, які здійснюють операції з товарами в спеціальних митних зонах, ведуть облік товарів, що ввозяться, вивозяться, зберігаються, виробляються, переробляються, закуповуються та реалізуються, і подають митним органам звітність про такі операції в порядку, що встановлюється Держмитслужбою України. Будь-які зміни, що відбуваються з товарами в межах спеціальних митних зон, повинні відображатися в облікових документах.
У разі ліквідації спеціальної митної зони власники товарів, що перебувають у цій зоні, або уповноважені ними особи зобов'язані розпорядитися зазначеними товарами до моменту остаточного вирішення всіх питань, пов'язаних з ліквідацією спеціальної митної зони. Якщо до моменту остаточного вирішення всіх питань, пов'язаних з ліквідацією спеціальної митної зони, власник товарів, що перебувають у цій зоні, або вповноважена ним особа не розпорядиться товарами, то такі товари підлягають декларуванню в інший митний режим.